Ryuko Matoi cherche à venger son père qui a été mystérieusement assassiné. La lycéenne est parachutée dans l'académie Honnôji où règne un air militaire. Ryuko Matoi va briser ce système et s'attaquer directement à la déléguée en chef des élèves, Satsuki Kiryūin, qui semble savoir quelque chose au sujet du meurtre de son père. Mais elle essuie une sévère défaite. C'est alors qu'elle trouve un uniforme au pouvoir suprême !